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独龙族的宗教信仰尚处于较原始的自然崇拜和万物有灵阶段。万物有灵的灵魂观念是独龙族宗教的核心。独龙族认为，自然界的一切都有精灵、灵魂，或鬼神，它们主宰着人们的吉凶安危。正是基于这种认识，没有足够的力量了解和战胜自然灾害和抵制疾病的独龙族，为了祈求鬼灵的庇护，消灾免祸，而崇拜着自然界的山川、河流、大树、怪石等等，并有了自己较具体的信仰对象，出现了祭祀人员，形成了一系列宗教活动，从而构成了富有本民族特色的宗教文化。
(一)生灵“卜拉”和亡魂“阿细”
在独龙族宗教意识里，人和动物都有两个灵魂，即生灵“卜拉”和亡魂“阿细”。无论是人还是动物，其肌体赖以存活的生灵“卜拉”，只有在肌体活着的时候才存在。
“卜拉”消失后，人的另一个灵魂，即亡魂“阿细”接踵而至。除巫师外，一般人看不见“阿细”。“阿细”不同于鬼、精灵，它只是住在另一个世界的人。在“阿细”生活的世界里，有山、有水、有村寨，还有众“阿细”生前曾养过的猪、鸡、牛、羊。
(二)地上的鬼“布兰”和天界的鬼“南木”
独龙族没有神的概念，他们只是笼统地把鬼、精灵、神祇等称为鬼，并把鬼分为住在地上的鬼和天界的鬼，认为地上的鬼是凶恶的、可怕的，对人畜危害极大，而天上的鬼却是主宰人间生死，庇佑人类的。实际上，天鬼已是独龙族的人神。
居住在地上的鬼，独龙语称“布兰”。“布兰”的种类很多。在独龙族的意识里，大自然中的鬼都是作崇于人，危害于人的都是恶鬼、坏鬼、贪婪鬼。且不同的鬼，对人有不同的危害。
天界上的鬼，独龙语称“南木”。
(三)信仰对象——“格蒙”、“布兰”、“南木”
独龙族信仰的对象便是格蒙、南木、布兰。格蒙是独龙族信奉的最高鬼灵，又译“木别”、“姆朋”。独龙族认为，格蒙居住在九层天的第二层，其职责是掌管人间的男女匹配及人的生死，能庇佑、赐福于人类，因此，人们必须祭祀它，以求人畜平安。
南木是天界鬼灵，居住在九层天第二层以下的各层。南木有多种，都是受格蒙派遣到人间司不同职责的，既可以解除人的痛苦或灾难，也可害于人，南木又能通过巫师中介与人相通，它较布兰已具有某种神圣性及权威性。
布兰居于地上，则是被视作对人畜危害极大，而又无时不在、无所不在的地界鬼精灵。人们或请巫师祭祀它，或请巫师驱逐或砍杀它。在独龙族神话中，就有不少表现人类与布兰作斗争的内容。
(四)巫师
独龙族巫师分“南木萨”、“龙萨”两种。南木萨社会地位较高，有的即是头人。无论是南木萨还是龙萨，都不是专门的职业宗教者，其宗教活动的收入也甚微，平时须参加一定的劳动。巫师传承也未形成相应的制度和习惯，并且南木萨和龙萨在传承上也有所不同。龙萨多由父传其子，个别还有传给女儿的。也有在日常宗教活动中逐渐观摩、模仿而成的。充当龙萨者都须是已婚的成年人。而南木萨并非父子要相，也不能传给外氏族的人，它是氏族保卫神的象征，系自然形成。
南木萨和龙萨职责不同。南木萨主持祭祀、打卦兼治病，不搞杀生驱鬼活动，治病的方式也很独特，不用中草药，而是采取一种类似魔术的医疗方法。龙萨则专门替病人杀生驱鬼。
(五)占卜
独龙族预测吉凶的巫术活动很多。占卜除巫师外，也可由当事人自己进行。占卜的的种类和方式很多，有水卜、酒卜、刀卜、蛋卜、鸡卜、谷卜、竹卜、叶卜等，其中以叶卜最为复杂。
(六)基督教
1935年，美籍传教士莫尔斯进入怒江地区，在茨开、丹当等地设立基督教教堂，并多次派人进入独龙江地区传教布道，自此，基督教传入独龙族地区。基督教在独龙族中培养了不少教徒，并对独龙文化产生了一定的影响。