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赫哲族早年信仰萨满教。他们崇拜鬼神、崇拜自然界，相信“万物有灵”，万物都是神在主宰，天、地、日、月、星、辰、山川、河流、岩石、草木、水、火、风、雷、闪电都由神来主管。“火”有火神爷爷“佛架玛玛”，并供有使用火的“都热马林”神。赫哲族对火爱护备至，并有许多禁忌。“风”有风神，称“卧杜玛玛”，雨有龙神，“雷”有雷公，“闪”有闪娘娘，“山”有山峡神，“房”有房山神。
赫哲族认为每种动物都有神在主宰，因而崇拜动物。因为“动物是人不可缺少的必要的东西；人之所以为人，要依靠动物；而人的生命和存在所依靠的东西，对人类来说就是神。”从事渔猎业生产的赫哲族崇拜各种动物是必然的。这些动物有“阔里”（鹰神、鸠神）、“克库”（杜鹃鸟形）、“雅日格”（金钱豹神）、“塔斯和”（虎神）、“布云”（狼形）、“僧格”（刺猬神）、“蹲特”、“阿都”神（形如猫）、“珠昆”神（水獭形）、“依那奇”神（形如狗）、“黑额恩木热”神（鲸鱼形）、“珠日翟力阿金”神（鳇鱼形）、“穆依嘎”神（蛇形）、“依斯额嫩”神（四脚蛇形）。此外还有马神、野猪神、猪神、龟神、鳖神、虾蟆神等动物之神。
萨满教的诸神约有十九种，普通人家供奉的神约有十五种，共三十四种：鸟类二、兽类十三、人形偶十一、爬虫二、器物四、鱼类二。有的人说赫哲人知道多少动物和爬虫，就有多少个神。此说虽不尽然，但有一定的道理。他们相信万物有灵，这是原始宗教信仰的特征。
赫哲人相信灵魂不死。认为人有三个灵魂：第一个灵魂称“奥任”，所谓生命的灵魂，人与动物都有，人死后它就离开了肉体；第二个灵魂称“哈尼”，所谓思想的灵魂，它能暂时离开肉体，如人在睡觉时，它能与别的灵魂发生关系；第三个灵魂称“法扬库”，所谓转生的灵魂，人死后它即离开肉体，它有创造来生的能力。人死后第一个灵魂（生命的灵魂）消灭了。第二个灵魂（思想的灵魂）不灭，它仍然存在，到死者周年或一百天时，请萨满将其送入阴间，即所谓“撂档子”（送魂）。这样，它在天堂、人间、地狱的鬼神之间，就变成一个新鬼。第三个灵魂（转生的灵魂）在人死后把生前走过的路再走一遍，男子必须走七天，女子要走九天再回到死处。在“出魂”之日随勾魂鬼“呼图”回到它的来处去，再转新生的人或动物。他们相信轮回说，以为好人死后仍变为人，父子相互更替不绝，次者变成家畜，恶人则成蒿杆上的疙瘩，永远不能再投胎为人。
赫哲人崇拜祖先。他们相信人与动物都有灵魂，灵魂不死，于是也就相信自己祖先的灵魂不死。他们称祖先三代为“别布玛法”，每逢春节时，把祖先供在西屋的桌上，以猪头、馒头等为供品，焚“僧其勒”香草，以示悼念。
赫哲人早先还存在着图腾崇拜、灵物崇拜、偶像崇拜。灵物崇拜是原始宗教发展到相当阶段，较后期的产物。“在许多较原始的部族中，人们身上带着许多个灵物，有防这种病的灵物，有防那种病的灵物，有防猛兽的灵物，有狩猎时能多捕获野兽的灵物等等。”萨满对灵物和偶像的崇拜便是如此。如信避邪神、痨病神、肚痛神“木哈索”、头痛神“乌什卡”、打围大神（管理狩猎的一切事宜）、司皮神（专司猎皮之事）、渔猎兼管之神“卡日嘎玛”、门神“珠林”等。
萨满教从对自然物、自然界的崇拜发展到对灵物、偶像的崇拜，进而发展到每个村落、每一氏族、甚至每户，都有供奉土地、河神、山神、虫王、龙王等神位的小庙。赫哲族由于受汉族的影响，逐渐用画像和纸马，把诸神供奉于庙中。狩猎时把主司狩猎的诸神画像带至山中供奉，把祖先的画像或纸马供在西屋墙上。这是二十世纪三十年代松花江沿岸赫哲族对诸神信奉的情况，也是人们在一定的社会物质条件下，受自然界沉重的压力，而得不到科学解释，歪曲的归之于神的结果。赫哲族的宗教信仰方式，是从原始宗教信仰到现代宗教信仰方式的过渡时期。萨满教在赫哲族中具有历史性、社会性和群众性，其影响是深远的。
萨满最初是女性，在赫哲族故事中有多起反映：如《南达布故事》中的“竹尔杭阿”老祖师、《阿尔奇五故事》中的“高米尔金妈妈”圣母、《杜布秀》故事中“紫热格尼妈妈”能末卜先知等等。这一切表明，萨满教中最初只有女萨满，其后才有男萨满并逐渐增多。
萨满一般是继承的，但不是父传子、子传孙的绝对世袭。有的是祖、父辈萨满的神找上子、孙辈来领神；有的隔一代或两代找上来的；有的萨满无后代，他的神找其近亲领神。当萨满要学会神词、神术、跳神、念咒、施魔法等等，方能“领神”。