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门巴族的宗教信仰呈现出二元的局面，佛本并举，异彩纷呈。原初本教和藏传佛教是门巴族社会中并存的、为门巴族共同信仰的两种主要宗教。
（一）本教信仰
门巴族曾有过信仰原始宗教的深远的历史。原始宗教的“万物有灵”，是门巴话信仰原初本教的观念基础。他们把神秘的灵性和灵魂赋予自然山、水、花草树木、鸟兽虫鱼乃至人的生殖活动。直到20世纪中叶，门巴族还真诚地信仰天神地灵、山鬼水妖、石精树怪，在他们看来，鸟兽虫鱼都充满了神性灵气。
门巴族信仰的本教是从藏区传入门隅的。但本教在门巴族信仰观念中与原始宗教并没有严格的界线。他们把原始宗教的鬼灵们接纳为本教神祈成员，同时去接受佛门思想。门巴族信仰的本教，是与民族实际紧密结合的，具有鲜明的民族性特征。
（二）藏传佛教信仰
在门巴族的信仰心灵上，同时飘扬着两面宗教圣幡，一面是上述的本教，另一面就是藏传佛教。
佛教也是由藏族地区传入门巴族地区的。藏传佛教的宁玛派、噶举派和格鲁派在门巴族中都有影响，而且尤以宁玛派历史悠久，传播最广。
宁玛派，意为“旧派”，俗称“红教”，因喇嘛身着红衣，头戴红帽而得名。宁玛派组织松散，教徒居家，以诵经念咒、祈神跳鬼为主要活动内容。由于宁玛派与门巴族似曾相识的面孔，出现在本教盛行的门隅地区，很容易被门巴族所接受，其源远流长，经久不衰，自属必然。